จูกัดกิ๋นเกิดในอำเภอหยางตู เมืองลงเสีย (หลังหยา) (ปัจจุบันคืออำเภออี๋ฉุ่ย มณฑลชานตง)[1] มีแซ่ว่าจูกัด (จูเก่อ) ซึ่งเป็นแซ่ที่ประกอบด้วยอักษรสองตัว บิดาของจูกัดกิ๋นชื่อจูเก่อ กุย เสียชีวิตตั้งแต่จูกัดกิ๋นยังเด็ก จูกัดกิ๋นและจูกัดเหลียงพี่ชายจึงได้รับการเลี้ยงดูโดยจูเก่อ เสฺวียน (ลูกพี่ลูกน้องของจูเก่อ กุย) ในเมืองอิเจี๋ยง (ยฺวี่จาง) เมื่อจูเก่อ เสฺวียนถูกขับออกจากเมืองอิเจี๋ยงในปี ค.ศ. 195 จูกัดกิ๋นและจูกัดเหลียงได้ติดตามจูเก่อ เสฺวียนไปอาศัยเล่าเปียว เจ้ามณฑลเกงจิ๋ว (จิงโจว) ซึ่งเป็นสหายกันกับจูเก่อ เสฺวียน[2][3]

หลังจากจูกัดเหลียงได้เป็นขุนนางของจ๊กก๊ก จูกัดกิ๋นได้ติดตามไปเป็นขุนนางในจ๊กก๊กโดยมีตำแหน่งเป็นฉางฉุ่ยเซี่ยวเว่ย์ (長水校尉) [4]